1987 yılında ABD Virginia Üniversitesinde ekonomi ve bilgisayar mühendisliği dallarından mezun oldu. 1989-1990 yılları arasında Brugge Avrupa Kolejinde Avrupa Topluluğu konusunda master yaptı. Ülgen, 1990 yılında girdiği Dışişleri Bakanlığında iki yıl boyunca Ankara’da Birleşmiş Milletler dairesinde çalıştı. 1992-1996 yılları arasında ise Brüksel’de Avrupa Birliği Nezdindeki Türkiye Daimi Temsilciliğinde görev yapan Sinan Ülgen, bu dönemde Gümrük Birliğiyle ilgili olarak Türkiye’nin müzakere pozisyonunun belirlenmesine katkıda bulundu ve müzakerelere fiilen katıldı. Daha sonra 1996 yılında T.C. Trablus Büyükelçiliğinde görev yaptı. 1996 yılı sonunda Dışişleri Bakanlığından ayrılan Sinan Ülgen, halihazırda İstanbul Ekonomi Danışmanlığın Yönetici Ortağı olarak AB ve ekonomi konularında danışmanlık yapmaktadır. Ülgen aynı zamanda Ekonomi ve Dış Politika Araştırmalar Merkezi’nin başkanıdır. 2004 yılında Kemal Derviş ile beraber yazdığı “Çağdaş Türkiye’nin Avrupa Dönüşümü” başlıklı bir kitabı bulunmaktadır. 2005 yılında da “AB ile müzakerelerin el kitabı” başlıklı kitabı yayınlanmıştır. Ülgen’in  yurtdışında Center for European Policy Studies (CEPS), Center for European Reform (CER), Atlantic Council of the US ve World Economic Forum (WEF) gibi kurumlar ile International Herald Tribune, Financial Times, Wall Street Journal, European Voice ve Le Figaro gibi gazetelerde yayınlanmış makaleleri bulunmaktadır.